学院将坚持“立足甘肃，面向全国，服务交通”的办学思路，以土木工程学科为主，使土木工程、工程管理、水利水电、测绘工程、工程力学等专业协调发展，锐意进取，力争到2015年前把土木工程学院建成专业特色鲜明的教学研究型学院。

土木工程学院的目标是将土木工程学科建设成为我国西北地区土木工程类高等教育、科学研究和技术创新基地;土木工程一级学科整体上达到国内先进水平、部分二级学科或研究方向达到国内领先或国际先进水平。