在人才培养方面，研究院早期曾与美国乔治亚理工学院联合培养过5届、共57位ISyE双硕士学位学生。研究院在“管理科学与工程”一级学科下招收与培养“管理科学与工程”、独立招收和培养物流工程与管理专业学位硕士研究生（全日制）与工程管理专业学位硕士研究生（非全日制，双证）；并从2020年起在交通运输领域招收和培养物流工程方向工程博士研究生（双证，全日制和非全日制）。先后培养博士和硕士毕业生200多人；毕业生质量优秀，毕业去向主要为国有大中型企业和世界著名企业、党政机 关、出国留学、自主创业。

       研究院自2011年开始，在“管理科学与工程”和“自动化”两个博士后流动站招收优秀青年学者从事博士后研究工作，先后有超过20位中外优秀青年学者到站工作，在国家及省部级项目、博士后基金、高水平论文发表、政企问题咨询与研究等多方面取得优异成绩；有9人获得博士基金，2人先后获得中国博士后基金特别资助项目，1人获得国家外专局“外国青年人才引进计划”项目，1人入选“上海交通大学师资储备计划”并留校任教。2人获得上海市超级博士后支持计划（2018、2019）；目前在站博士后10名（其中1名印度籍）；已出站16名（其中1名意大利籍、1名伊朗籍）。

面向工程系统管理及现代物流与供应链等工程管理领域，培养有良好的政治思想素质和职业道德修养，掌握系统与完备的现代工程管理理论与方法，具备相关工程领域的技术和知识，能独立担负重大、复杂工程的组织与管理工作，具有卓越领导力和宽广的国际视野的复合型高端工程管理人才，以适应我国新时代经济建设和发展的需要，为实现中华民族伟大复兴的中国梦提供重要的人才保障。